Program Studi Sistem Informasi (Prodi SI) berdiri Berdasarkan pada Rencana Bisnis (Renbis) Universitas Mulawarman Tahun 2015-2019. Renbis Universitas Mulawarman salah satu point mencantumkan adanya pengembangan Program Studi salah satunya adalah Sistem Informasi. Kemudian pada tahun 2018 dibentuklah tim penyusun Prodi SI dengan nomor Surat Keputusan Rektor No. 482/SK/2018. Berdasarkan surat nomor 859/KPT/I/2018 Tepatnya pada tanggal 09 Oktober 2018 Kementerian RistekDikti mengeluarkan ijin penyelenggaraan Prodi SI Fakultas Ilmu Komputer dan Teknologi Informasi (FKTI) Universitas Mulawarman. Prodi SI pertama kali menerima mahasiswa baru pada tahun akademik ganjil 2019/2020 dengan peminat yang cukup banyak. Pada tahun 2019 mahasiswa Prodi SI menerima mahasiswa baru sebanyak 156 orang mahasiswa kemudian pada tahun 2020 menerima sebanyak 85 orang mahasiswa. Dosen tetap prodi (DTPS) berjumlah 6 orang yang kemudian bertambah menjadi 8 orang di tahun 2021 serta 10 orang di tahun 2022. Sumber daya manusia pada tenaga kependidikan berjumlah 2 orang Prodi SI merupakan prodi yang memiliki keunggulan dibidang pemanfaatan sistem informasi dalam membantu proses manajemen layanan akademik serta penjaminan mutunya. Pada Tahun 2020 Program Studi Informasi Bergabung ke Fakultas Teknik Universitas Mulawarman berdasarkan SK Rektor No. 1 Tahun 2020 tentang Integrasi Program Studi Ilmu Komputer, Teknik Informatika dan Sistem Informasi Pada Fakultas Teknik Universitas Mulawarman. Akreditasi Program Studi Sistem Informasi adalah BAIK berdasarkan Surat Keputusan BAN_PT No. 9751/SK/BAN-PT/Ak/S/XI/2022 yang berlaku 23 November 2022 – 23 November 2027 [klik disini].

Mengacu pada Rencana Operasional Program Studi Sistem informasi telah memiki milestone capaian visi dan misi serta sasaran yang sangat jelas (https://si.ft.unmul.ac.id/visi_misi_sistem_informasi) sehingga arah pemosisian dan target program kerja dalam 5 tahun (2019 - 2023) dapat tercapai. Dalam upaya menghasilkan lulusan Prodi SI telah memiliki kekhasan pada profil lulusannya (https://si.ft.unmul.ac.id/profil_lulusan) di mana kurikulum yang dipergunakan telah disesuaikan dengan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) Aptikom dan Assosiasi Sistem Informasi Indonesia (AISINDO) yang telah dilakukan Lokakarya Kurikulum pada 23 Februari 2019 [Klik disini]. Dalam bidang publikasi Prodi SI walau masih terhitung prodi baru, namun telah memiliki prestasi dalam publikasi di Universitas Mulawarman serta ter-Indeks Sains dan Teknologi (SINTA) serta semua dosen tetap prodi SI telah memiliki ID Scopus. Pelaksanaan Standar Tri Dharma Perguruan tinggi juga terus tercapai dengan terpenuhinya Beban Kerja Dosen (BKD) yang diisikan setiap semester berjalan dan Sasaran Kinerja Pegawai (SKP) di tiap tahunnya. Untuk semakin meningkatkan kualitas mutu lulusan, Prodi SI melaksanakan kerjasama ditingkat Internasional dengan beberapa vendor IT terkemuka diantaranya Oracle, Huawei, Amazon Web Service, Mikrotik, ISACA. Beberapa Dosen tetap prodi Sistem Informasi juga telah memiliki sertifikasi sehingga kualitas dari lulusan yang dihasilkan tentunya siap bersaing secara Global.